父ジャック（ 1902 年 5 月 21 日 - 1985 年 10 月 19 日）は開業医で、他に母ガートルード（ 1903 年 10 月 28 日 - 1985 年 4 月 23 日。旧姓パーヴィラー）、妹バーバラ・メリー（ 1934 年 3 月 21 日 - ）。妻はドイツ人で元女優のクリスティアーヌ。

映画製作において、初期は、父や叔父から製作資金の援助を受ける。最初の妻トーバを『恐怖と欲望』の台詞監督にし、 2 番目の妻ルースは『非情の罠』では役者の一人として出演させ、『現金に体を張れ』では美術を担当させた。『突撃』に出演したクリスティアーヌはその後 3 番目の妻になり、画家としての彼女の絵が『時計じかけのオレンジ』と『アイズ　ワイド　シャット』に登場している（『アイズ　ワイド　シャット』には長女カタリーナの絵もある）。

『 2001年宇宙の旅』では三女ヴィヴィアンが登場（アビゲイル・ミード名義で『フルメタル・ジャケット』で音楽を担当、女性キャメラマン役でも出演）。妻クリスティアーヌの弟ヤン・ハーランは『時計じかけのオレンジ』で製作助手を担当後、以後の作品の製作総指揮を担当。長女カテリーナの夫フィリップ・ホップスは『フルメタル・ジャケット』で製作助手を務めた。『アイズ　ワイド　シャット』のロケーション・リサーチとスチール写真にクレジットされているマヌエル・ハーランはヤン・ハーランの息子、キューブリックの甥だと考えられる。